โครงการหน่วยแพทย์ธารน้ำใจ ให้การรักษาพยาบาลแก่บุคคลที่มีรายได้น้อยโดยไม่คิดมูลค่าโครงการสำคัญอีกโครงการหนึ่งที่มูลนิธิฯ ดำเนินการคือ โครงการหน่วยแพทย์ธารน้ำใจ  ซึ่งเกิดขึ้นจากความคิดริเริ่มของ ศาสตราจารย์ ร.อ.กฤษฎา อรุณวงษ์ ณ อยุธยา และ ทันตแพทย์พิทักษ์ ไชยเจริญ  โดยเฉพาะทันตแพทย์พิทักษ์ ไชยเจริญ ได้มีส่วนสำคัญในการประสานงานหาบุคลากร มาช่วยงานของหน่วยแพทย์ฯ  ซึ่งต่อมา พ.อ.นพ.เยื้อง คนภักดี ก็ได้รับหน้าที่แทน  แต่ชื่อเสียงและคุณความดีของท่านอาจารย์สัญญาฯ ได้เป็นส่วนช่วยอย่างมากในการที่กรรมการมูลนิธิฯ ติดต่อทาบทาม แพทย์ ทันตแพทย์ เภสัชกร และอาสาสมัคร มาช่วยโครงการหน่วยแพทย์ธารน้ำใจ  เพราะได้อาศัยบารมีของท่านอาจารย์  ซึ่งแพทย์ทันตแพทย์ เภสัชกร และอาสาสมัคร เมื่อได้รับเชิญชวนว่าจะมาร่วมงานกับท่านอาจารย์ ก็จะรีบตอบรับทันที
 

โครงการหน่วยแพทย์ธารน้ำใจ จัดขึ้นเพื่อให้การรักษาพยาบาลแก่ผู้มีรายได้น้อยโดยไม่คิดมูลค่า ซึ่งได้รับความร่วมมือร่วมใจจากทุกฝ่ายเป็นอย่างดี  โดยมูลนิธิฯ ได้จัดให้มีการรักษาพยาบาลและตัดผมตามชุมชน ต่างๆ ที่กำหนดทุกวันอาทิตย์สุดท้ายของเดือน รวมตั้งแต่ปีพุทธศักราช 2519 จนถึง เดือนสิงหาคม พุทธศักราช 2545  ได้ออกหน่วยแพทย์ธารน้ำใจเพื่อให้การรักษาพยาบาลไปแล้ว ทั้งสิ้นเป็นจำนวน 312 ครั้ง มีผู้มารับการรักษาพยาบาลทั้งสิ้นเกือบ 70,969 ราย พ.อ.นพ.เยื้อง คชภักดี รองเลขาธิการมูลนิธิฯ และหนึ่งในกรรมการที่ออกให้บริการหน่วยแพทย์ธารน้ำใจมาตลอด ได้เล่าให้ฟังว่า “เริ่มตั้งแต่ปี พ.ศ.2519 มูลนิธิธารน้ำใจจัดตั้งหน่วยแพทย์ฯ ขึ้น  เพื่อตรวจรักษา ประชาชนผู้ด้อยโอกาสตามจุดกำหนดต่างๆ ทุกวันอาทิตย์สิ้นเดือน  ท่านอาจารย์สัญญาฯ ได้กรุณาไปเยี่ยมให้กำลังใจ แพทย์ ทันตแพทย์ เภสัชกร และอาสาสมัครเสมอ  โดยเฉพาะในวันเลี้ยงขอบคุณผู้ปฏิบัติงานปีละครั้ง  ท่านไม่เคยขาด  ผู้ปฏิบัติงานทุกคนมีความชื่นชมยินดีในความกรุณาเอาใจใส่ของท่านเป็นอย่างยิ่ง  ท่านได้กล่าวอยู่เสมอว่า การมาช่วยตรวจรักษาผู้ยากไร้ได้บุญกุศลมาก  เพราะเป็นการปลดเปลื้องทุกข์ให้ผู้ป่วย”